Циљ израде и одбране мастер рада је да студент покаже самосталан и креативан приступ у примени стечених практичних и теоријских знања из одговарајуће области биомедицинског инжењерства. Оспособљавање студената за праћење литературе и истраживачки рад.

Израдом и одбраном мастер рада студенти који су завршили студије треба да буду компетентни да решавају реалне проблеме из праксе као и да наставе школовање уколико се за то определе. Дипломирани студент стиче способност решавања конкретних проблема уз употребу научних метода и поступака. Дипломирани студенти су способни да на одговарајући начин напишу и да презентују резултате свог рада. Свршени студенти овог нивоа студија поседују компетенцију за праћење и примену новина у струци, као и за сарадњу са локалним социјалним и међународним окружењем.

Биомедицински инжењеринг. Сигнали, системи анд управљање у биомедицинским системима. Биомеханика. Примењено рачунарско инжењерство. Медицинска електроника. Медицинска примена роботике.