Cilj izrade i odbrane master rada je da student pokaže samostalan i kreativan pristup u primeni stečenih praktičnih i teorijskih znanja iz odgovarajuće oblasti biomedicinskog inženjerstva. Osposobljavanje studenata za praćenje literature i istraživački rad.

Izradom i odbranom master rada studenti koji su završili studije treba da budu kompetentni da rešavaju realne probleme iz prakse kao i da nastave školovanje ukoliko se za to opredele. Diplomirani student stiče sposobnost rešavanja konkretnih problema uz upotrebu naučnih metoda i postupaka. Diplomirani studenti su sposobni da na odgovarajući način napišu i da prezentuju rezultate svog rada. Svršeni studenti ovog nivoa studija poseduju kompetenciju za praćenje i primenu novina u struci, kao i za saradnju sa lokalnim socijalnim i međunarodnim okruženjem.

Biomedicinski inženjering. Signali, sistemi and upravljanje u biomedicinskim sistemima. Biomehanika. Primenjeno računarsko inženjerstvo. Medicinska elektronika. Medicinska primena robotike.

Mentor za izradu i odbranu master rada formuliše temu sa zadacima za izradu master rada. Kandidat u konsultacijama sa mentorom samostalno radi na problemu koji mu je zadat. Nakon izrade rada i saglasnosti mentora da je uspešno urađen rad, kandidat brani rad pred komisijom koja se sastoji od najmanje tri člana od kojih bar je jedan sa drugog Departmana Fakulteta tehničkih nauka ili drugog fakulteta.